З розпадом радянського блоку європейська та євроатлантична інтеграція Чехії визначається, як основний пріоритет національного розвитку країни. Розпочався цей процес з подання Чехією заявки на вступ до Європейського Союзу у січні 1996 року. Після того, як країна досягла критеріїв членства в ЄС, в травні 2004 року її офіційно прийняли до складу організації. Відтоді Чехія як країна-член Європейського союзу активно залучається до реалізації основних програм ЄС, насамперед, Спільної зовнішньої та безпекової політики (СЗПБ), а також «Східного партнерства».
В рамках СЗПБ Чехія разом з іншими країнами-членами ЄС бере участь у міжнародних миротворчих операціях, створенні європейських батальйонних тактичних груп та у підтриманні оперативних можливостей (в т.ч. чесько-словацької та польсько-угорсько-словацької в рамках «Вишеградської групи»).
В плані реалізації «Східного партнерства» Чехія послідовна в підтримці процесу європейської інтеграції України, була в числі посередників під час врегулювання російсько-українських проблем, викликаних так зв. газовими війнами Росії проти України. Чехія активно сприяє економічному та інституційному розвитку Європейського Союзу. Так, головними напрямами чеського головування в ЄС у першому півріччі 2009 року були сприяння розвитку ринків Європейського Союзу, покращення умов підприємницької діяльності, вирішення проблем безробіття, реалізація спільної сільськогосподарської політики та підвищення енергетичної безпеки Європи.
Важливим досягненням за час перебування Чехії в ЄС можна вважати створення передумов для економічного розвитку країни, який був досить динамічним до початку кризових процесів в Європі, викликаних світовою фінансово-економічною кризою. Незважаючи на поточні проблеми, Чехія має всі шанси для відновлення позитивних процесів в економіці. Наприклад, обсяги зовнішньої торгівлі Чехії з іншими країнами ЄС збільшилися у другій половині 2012 року.
Одним з важливих кроків у рамках інтеграції країни до ЄС стало входження Чехії до Шенгенської зони (березень 2008 року).Чеські громадяни, вільно пересуваючись Європою, дістали змогу навчатись та працювати в країнах ЄС.
Як вважає чеське керівництво, членство Чехії в НАТО складає основу національної безпеки країни. Так, у 1990 році колишня Чехословацька республіка, після розпаду Варшавського договору, першою встановила контакти з Північноатлантичним союзом, що відбулося під час візиту до Праги Генерального секретаря НАТО.
Після виконання всіх необхідних процедур, 12 березня 1999 року Чеська Республіка стала повноправним членом НАТО та взяла на себе всі зобов’язання Північноатлантичного союзу. Щоправда, на відміну від Польщі, країн Балтії та Румунії, головною метою цього вступу стало не стільки забезпечення захисту від Росії, скільки можливість використання потенціалу Альянсу для оптимізації чеської оборонної складової.
Так, інтегруючись до НАТО, збройні сили Чехії були скорочені зі 132 тис. осіб у 1993 році до 35 тис. осіб в 2010 році. Була списана і значна кількість застарілого озброєння, з 1 січня 2005 року чеська армія повністю перейшла на контрактний принцип комплектування. Скорочення збройних сил Чехії заощадило значні кошти, та одночасно було компенсоване включенням країни в єдину систему колективної безпеки НАТО і (що важливо!) отриманням нових сучасних зразків озброєння та військової техніки.
Багатоцільовий винищувач JAS-39 «Gripen»
В рамках цього процесу чеська армія була інтегрована до Об’єднаних збройних сил Північноатлантичного союзу. Система повітряного контролю ЧР інтегрувалася до об’єднаної системи ППО НАТО в Європі. На вигідних офсетних (компенсаційних) умовах чеська армія отримала 14 сучасних шведських літаків JAS-93 «Gripen» (при вартості контракту 750 млн. дол. США чеська сторона отримала офсетні компенсації від компанії Saab на суму 975 млн. дол. США), а також понад 100 австрійських бронетранспортерів «Pandur ІІ» (Чехія заплатила компанії Steyr-Daimler-Puch Spezialfahrzeuge 650 млн.дол.США, а отримала 150 % офсетних компенсацій).
Бронетранспортер «Pandur-2»
Чеські експерти стверджують, що, незважаючи на скорочення збройних сил, наведені вище заходи в рамках членства країни в НАТО значно підвищили військовий потенціал ЧР. Це і надало можливість Чехії забезпечити виконання своїх зобов’язань перед НАТО як в плані зміцнення безпеки Європи, так і щодо участі у міжнародних військових операціях, в тому числі в Іраку та Афганістані.
В рамках концепції «Розумної оборони НАТО» Чеська Республіка спеціалізується на виконанні функцій радіаційного, хімічного та бактеріологічного захисту військ Північноатлантичного союзу. Це завдання покладене на 31 бригаду РХБЗ ЗС Чехії, що перебуває у оперативному резерві Сил швидкого реагування НАТО.
В Альянсі Чехія спеціалізується також на виробництві радіоелектронної, бронетанкової та авіаційної техніки, що позитивно позначається на розвиткові чеського оборонно-промислового комплексу. Так, у 2000 році уряд Чехії ухвалив концепцію «Основи взаємодії державного управління і оборонної промисловості Чеської Республіки», а також угоду «Про співробітництво між Міністерством оборони ЧР та Асоціацією підприємств оборонної промисловості», які оптимізували роботу чеського ОПК у нових геополітичних умовах, у яких перебуває країна.
Станція пасивної
радіотехничної розвідки
«Vera»
Спираючись на свою промислову базу, яка не поступається базам інших європейських країн, чеська компанія ERA Pardubice випускає сучасні станції радіоелектронної розвідки «Vera» (є подальшим розвитком відомої «Ramonа»). Крім того, разом зі США ведуться науково-технічні розробки в інтересах американської системи ПРО у Європі.
Чеська компанія Aero Vodohody спільно з італійською компанією Alenia Aeronavtika бере участь у складанні середнього військово-транспортного літака C-27J Spartan.
Тактичний військово-транспортний літак
C-27J «Spartan»
Більше десятка чеських підприємств залучені до виробництва згаданого вище австрійського БТР Pandur ІІ, які постачаються для збройних сил ЧР. Чехія бере також участь дослідницькій програмі під егідою Європейського оборонного агентства зі створення піхотного спорядження для ведення бойових дій у міських умовах.
Характерно, що членство Чехії у НАТО не заважає їй виконувати і свої програми щодо колишнього радянського озброєння, яке залишилося їй у спадок. Зокрема, у 2007 році чеський уряд передав Афганістану 6 транспортних вертольотів Мі-17 та 6 ударних вертольотів Мі-35, що були модернізовані для бойових дій в гірських умовах. При цьому, в самому Афганістані діяв спецпідрозділ чеських ВПС для обслуговування цієї вертолітної техніки та підготовки афганських пілотів.
Позитивні показники членства Чехії в НАТО обумовили високий рівень підтримки процесу євроінтеграції чеським населенням. Так, якщо у 1999 році вступ Чехії до Північноатлантичного союзу підтримували не більше 30 % чеського населення, то тепер цей показник становить понад 80 %.